Pikmin Wars es un típico juego de guerras de corte Medal of Honor o Counter Strike, orientado al multijugador, donde se enfrentarán dos facciones de Pikmins en el que tú elegirás la raza que desees, contando cada una de ellas con sus propias características, y lo personalizarás tanto en equipamiento como en habilidades. Así podrás elegir ser un Pikmin blanco francotirador, médico o experto en venenos, o un Pikmin azul, único para combates submarinos.